Под nginx нельзя использовать .htaccess (т.е. для большинства приложений нужно переписывать весь .htaccess в nginx) имеем кучу глюков с разными приложениями, которые работают через fast-cgi совсем не так, как под апачом.
Вообще если очень сильно хочется - ничего не мешает поставить nginx для отдачи статики, а динамику проксировать на апач.