Просто Море текста, читать все чот нехватило духа ))
Расскажу немного о нашем опыте, начну с ОС`ей...
Разница насамом деле очень большая... вот берем к примеру наш сервак - там 8гектар оперативы... какбы достаточный обьем, который еще ни разу не использовался целиком... и при этом логически верно система не забивает 20гиговый своп ничем - то есть использование своп раздела = 0 !
Смотрим картину под Windows, ну 32 битка вообще не увидит 8гб, работаем под 64... на удивление в свопе толкается куча дерьма, зачем использовать хард, когда у нас оперативу "жопой жуй" - спасибо бил за рац систему.
Linux - оператива не используется вся - хард отдыхает.
Windows - хард работает всегда.
Еще тут прозвучало то что на серверах стоит GUI, зачем? есть же putty ...
После загрузки - голая система жрет 4мб оперативы!!!(Linux)
Windows после загрузки не видел чтобы хавала меньше 80мб...
Эти уже 2 факта очень неслабо влияют на скорость обработки данных, так как в винде что-то лишнее постоянно обрабатывается.
По mysql`у оч интересно как проводилась оптимизация

При сборке, или уже при разукраске конфигов...
У нас стоит с -O3 оптимизацией и с ключом -static.
Много словами не бросался, просто сам факт установки сервака под Linux без GUI дает стартовый бонус в производительности сервера.
Добавлено через 5 минут
да кстати, кто хочет "вырастить" действительно нормальный сервер - покурите тему с OpenVZ